Le Bonus Réparation n'est pas soumis à la TVA, il ne change rien à votre chiffre d'affaire habituel et à votre déclaration URSSAF - considérez le comme un mode de paiement.
Le Bonus Réparation vient en déduction de votre total TTC.
Voir les exemples de facture ici : Comment faire une facture valide pour ma déclaration sur l'application Bonus Réparation ?